Vedecko – výskumná činnosť ÚKIaLG sa prerozdeľuje medzi pracoviská klinickej imunológie a alergológie, transplantačnej imunológie a lekárskej genetiky, pričom jednotlivé pracoviská navzájom úzko spolupracujú.
Vedecko-výskumné projekty sa týkajú využitia nových zápalových markerov v diagnostike a manažmente autoinflamačných ochorení, využitia aktivačných a inhibičných markerov v diagnostike a monitoringu ochorení, spolu s Transplantačno-nefrologickým odd. spolupracujeme na projektoch v oblasti transplantačnej imunológie